KSeF: Odroczenie kar nie zwalnia z obowiązków i ryzyk dla przedsiębiorców

Ministerstwo Finansów ogłosiło wydłużenie okresu ochronnego przed sankcjami za błędy w stosowaniu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) do końca 2027 roku. Oznacza to, że administracyjne kary pieniężne za nieprawidłowości w korzystaniu z systemu będą nakładane dopiero od 1 stycznia 2028 roku. Eksperci podkreślają jednak, że ten okres przejściowy nie jest taryfą ulgową i nie zwalnia przedsiębiorców z obowiązku prawidłowego stosowania KSeF.

Niepoprawne wykorzystanie KSeF wiąże się z odpowiedzialnością karnoskarbową już w okresie odroczenia sankcji. Przykładem jest wysłanie odbiorcy wizualizacji faktury ustrukturyzowanej, która różni się od tej znajdującej się w KSeF. Według interpretacji Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 30 kwietnia 2026 roku, jeśli wizualizacja PDF zawiera wszystkie kluczowe dane, ale różni się od faktury ustrukturyzowanej, może zostać uznana za odrębną fakturę, co wiąże się z obowiązkiem zapłaty wykazanego w niej podatku VAT.

Ryzyko podwójnego VAT i błędnego wprowadzania faktur

Wprowadzenie do KSeF faktur wystawionych wcześniej również może skutkować negatywnymi konsekwencjami. W indywidualnej interpretacji z 23 czerwca 2026 roku Dyrektor KIS wskazał, że faktury ze stycznia 2026 roku wprowadzone do systemu w kwietniu 2026 roku należy uznać za błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, ponieważ dokumentują zdarzenia gospodarcze już udokumentowane fakturami elektronicznymi lub papierowymi. W takim przypadku jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest wystawienie faktur korygujących „do zera”.

Organy podatkowe ostrzegają, że zarówno omyłkowe wprowadzenie faktury do KSeF, jak i wysłanie wizualizacji odbiegającej od faktury wystawionej w systemie, wiąże się z ryzykiem uznania ich za tzw. „puste faktury” na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Przepis ten nakłada obowiązek zapłaty podatku VAT wykazanego na fakturze, również gdy czynność opodatkowana jest udokumentowana kilkoma fakturami. W sytuacji, gdy czynność zostanie udokumentowana dwoma różnymi fakturami, podatnik będzie zobowiązany do zapłaty podwójnego podatku VAT.

Wewnętrzne procedury i nadzór nad procesem wystawiania faktur

Eksperci zwracają uwagę na ryzyko związane z niewydolnością wewnętrznych procedur w firmach, szczególnie w sytuacjach awaryjnych oraz przy wystawianiu faktur poza KSeF. W systemie KSeF rozróżnia się tryb online, gdzie faktura trafia do systemu na bieżąco, oraz tryb offline, w którym faktura jest wystawiana poza systemem i musi zostać do niego przesłana w terminie określonym w ustawie.

W przypadku awarii systemu termin przesłania faktury offline może wynosić 7 dni roboczych, natomiast w trybie offline24 termin ten upływa już następnego dnia roboczego. Niedotrzymanie tych terminów może stanowić zagrożenie dla płynności operacyjnej i rozliczeń biur rachunkowych.

Zuzanna Niełacna, ekspertka księgowo-podatkowa, wskazuje, że problem pojawia się również wtedy, gdy faktura została prawidłowo wystawiona w trybie offline, ale nie została terminowo przesłana do KSeF. W takich sytuacjach konieczne jest dopilnowanie, czy faktura została faktycznie przyjęta przez system.

Wdrożenie przejrzystego nadzoru nad procesem wystawiania i przesyłania faktur jest istotne dla firm. Konieczne jest prowadzenie rejestru faktur wystawionych offline, zawierającego informacje o trybie wystawienia, terminie przesłania do systemu oraz potwierdzeniu przyjęcia przez KSeF.

Pomimo odroczenia kar finansowych, Ministerstwo Finansów podkreśla, że obowiązek korzystania z KSeF oraz terminowego przesyłania faktur pozostaje aktualny. Krajowa Administracja Skarbowa zapowiada kontrole przypadków wystawiania faktur poza systemem bez ustawowych wyjątków oraz sprawdzanie, czy niestosowanie KSeF nie wiąże się z nierzetelnym rozliczaniem podatku.

Wydłużenie okresu ochronnego przed sankcjami nie zwalnia przedsiębiorców z obowiązku prawidłowego korzystania z KSeF oraz pilnowania terminów i zgodności dokumentów. Firmy muszą zwracać uwagę na prawidłowe procedury i nadzór, aby uniknąć ryzyka karnoskarbowego i problemów z rozliczeniami podatkowymi.